Fakultas Psikologi Unika Atma Jaya secara resmi didirikan pada 08 Juni 1992 berdasarkan Surat Keputusan Dirjen DIKTI tentang Pemberian Status, dengan nomor: 267/DIKTI/Kep/1992. Sejak awal berdirinya hingga tahun 2005, kegiatan pendidikan hanya dikonsentrasikan pada Program Studi S-1 Psikologi. Pada tahun 2015, Program Studi S-1 Psikologi mendapatkan akreditasi nilai A dari BAN PT berdasrkan Surat Keputusan No. 990/SK/BAN-PT/Akred/S/IX/2015.

Mulai tahun 2005, kegiatan pendidikan mulai berkembang dengan didirikannya Program Studi Magister Profesi Psikologi dengan dua jurusan, yaitu Psikologi Industri/Organisasi dan Psikologi Klinis. Pada tahun 2010, program studi ini dilengkapi lagi dengan jurusan Psikologi Pendidikan Anak dan Remaja.

Pada usia ke-20 tahunnya, Fakultas Psikologi Unika Atma Jaya kembali mengembangkan kegiatan pendidikannya dengan mendirikan Program Studi Magister Sains Psikologi. Pada tahun 2017, berdirilah Program Doktoral Psikologi.