Setiap mahasiswa yang belajar di UNIKA Atma Jaya akan memperoleh akses terhadap berbagai fasilitas, kegiatan, maupun program yang ada di kampus. Atma Jaya mempunyai perpustakaan yang lengkap, terbaharui secara terus-menerus, mempunyai koleksi dari berbagai jurnal nasional maupun internasional, mempunyai rekam jejak administrasi pemerintah kolonial, serta deposit/titipan publikasi dari berbagai lembaga dunia termasuk The World Bank. Selain itu, mahasiswa juga dapat mengakses kerjasama UNIKA Atma Jaya dengan berbagai lembaga swasta dan pemerintah.

Atma Jaya juga merupakan Universitas swasta yang berjejaring luas di masyarakat, baik melalui kegiatan Fakultas dan unit-unit LPPM. Misalnya: Atma Jaya mempunyai unit ekstensi yang disebut KIOS sebagai unit 6 Fakultas yang menjangkau pecandu narkotika, pengguna jarum suntik. Selain itu, UNIKA Atma Jaya juga mempunyai unit penelitian yang melakukan penelitian-penelitian terapan (aksi) untuk membantu siswa dan guru di sekolah , serta membantu pemerintah dalam penanggulangan infeksi HIV pada anak-anak usia 1-12 tahun.

Unika Atma Jaya juga menjadi anggota dari jejaring penelitian yang berfokus pada kajian aspek-aspek budaya Indonesia, yaitu Konsorsium Psikokultural Indonesia. Konsorsium yang beranggotakan Universitas Sumatera Utara (USU), Unika Atma Jaya, Universitas Andalas dan Robert Lemelson Foundation (lembaga nirlaba dari AS yang fokus pada aspek kesehatan jiwa) melakukan kajian, edukasi masyarakat, dan diseminasi persoalan perilaku dan budaya di Indonesia.